Die imposanten Klänge der Orgelmusik passen perfekt in die festliche Stimmung der Vorweihnachtszeit. Jährlich im Advent findet in der St. Marienkirche deshalb eine Reihe an Orgelkonzerten statt, die inmitten des bunten Treibens vom Weihnachtsmarkt am Alexanderplatz oder dem direkt neben der Kirche liegenden Weihnachtsmarkt am Roten Rathaus eine Oase der Ruhe und Besinnlichkeit bieten.
Die Wagner-Orgel der St. Marienkirche
Joachim Wagner (1690–1749) gilt bis heute als der beste Orgelbauer der Mark Brandenburg und die von ihm gebauten Instrumente gehören zu den bedeutendsten Barock-Orgeln der Region.
Seine erste Orgel baute Wagner im Zeitraum von 1720 bis 1722 in der St. Marienkirche am heutigen Alexanderplatz. Seitdem wurde die Orgel mehrmals umgebaut, zuletzt im Jahre 2002, da das Instrument starke Schäden zeigte. Die Wagner-Orgel der Marienkirche wird oft als schönste Orgel Berlins gehandelt und ist für ihr warmes und barockes Klangbild bekannt.